El Bachillerato es quizá la etapa que más cambios va a sufrir en este sentido. Las actuales tres opciones van a pasar a ser cinco con la Lomloe: Ciencia y Tecnología, Humanidades y Ciencias Sociales, Artes (que se desdobla a su vez en Música y Artes Escénicas y Artes Plásticas, Imagen y Diseño) y un Bachillerato General para quien no tenga clara la elección a los 16 años.
Se mantiene la ya conocida desaparición de Filosofía en la ESO, pero aparece en Bachillerato como obligatoria en los dos años. Bajo el nombre de Filosofía en 1º y como Historia de Filosofía en 2º.
La nueva estructura arranca a partir del año próximo en los cursos impares y el siguiente en los pares.
En la ESO, el alumnado tendrá al menos siete asignaturas obligatorias por curso (Biología y Geología y/o Física y Química, Educación Física, Geografía e Historia, Lengua Castellana y Literatura, Lengua Extranjera y Matemáticas) más "al menos" una por curso entre Educación Plástica, Visual y Audiovisual y Música, que tendrán que ubicar las comunidades. Entre las principales novedades de esta etapa está que ahora Tecnología, que añade el apellido "y Digitalización", tendrá que ser obligatoria en al menos un curso entre 1º y 3º de la ESO.
El Bachillerato General, la vía intermedia entre las científicas y las artísticas, se configura "incorporando de forma equilibrada materias de carácter científico, humanístico, socioeconómico y artístico (...), proporcionando a los estudiantes una educación integral, dotándoles de los conocimientos, las destrezas y las actitudes que les permitan acceder de manera eficaz a la vida social como ciudadanos comprometidos; a estudios superiores, tanto universitarios como profesionales, que no exijan una especialización concreta", según se lee en el documento enviado por Educación a las comunidades. El ministerio especifica que "dado que las materias comunes del Bachillerato tienen un perfil más humanístico", las asignaturas obligatorias de esta rama se centran más en la formación científica.